GraphPad Prism 基础使用
用一组虚构数据认识 Prism 的数据表、作图、描述性统计、检验选择与项目导出。
GraphPad Prism 常用于整理实验数据、绘图和完成常见统计分析。初学时最容易走错的一步，是还没弄清“每一行、每一列代表什么”，就先选图形或点击统计检验。本文以 GraphPad Prism 11 的官方手册为参考，走一遍从数据到图表的基本流程；不同小版本的按钮位置和译名可能略有差别。
下文所有数值都是虚构的练习数据，单位也是假设的。它们不来自患者、实验或临床研究，不能用于诊疗或推断某种处理有效。
第一步：先确定观察单位与数据表类型
打开新项目时，Prism 会让你选择数据表格式。这个选择决定了哪些图形和分析适用。常见的几类如下，具体定义见 GraphPad 数据表格式指南。
| 要回答的问题 | 常用表格 | 数据怎样摆放 |
|---|---|---|
| 比较一个分组因素下的若干组测量值 | Column | 每组占一列，原始观察值逐行填写 |
| 研究时间、剂量与响应的关系 | XY | X 列填实际数值，Y 列填各组响应 |
| 同时按两个因素分组 | Grouped | 行和列分别表示一个分组因素 |
| 记录多个变量、每行一个观察对象 | Multiple variables | 每列一个变量，每行一个对象 |
例如“对照组与处理组各有六个独立样本的测量值”，可用 Column 表；“同一对象在处理前后各测一次”，也可用 Column 表，但必须让同一对象的两次测量处于同一行。这两种设计的配对关系不同，不能只凭两列数字看起来相似就选择配对检验。GraphPad 对 Column 表的说明明确区分了独立数据与配对数据的行含义。
第二步：用原始值建立一张 Column 表
练习问题是：“两组模拟测量值的分布怎样？”新建 Column 数据表，将列名设为“对照”和“处理”，每列填入六个原始数值：
| 行 | 对照 | 处理 |
|---|---|---|
| 1 | 12 | 14 |
| 2 | 11 | 15 |
| 3 | 13 | 13 |
| 4 | 12 | 16 |
| 5 | 14 | 14 |
| 6 | 10 | 15 |
这份练习表假设每个数来自不同样本，因此行号只用于整理，不表示两列之间有配对关系。每组均有 6 个值；手工核对可得对照组均值为 12，处理组均值为 14.5。若真实数据存在重复测量，应先弄清独立样本、技术重复和生物学重复分别是什么，再决定分析单位；不能把同一样本的多次技术读数直接当成多个独立对象。
建议保留一份未经修改的原始记录，再将核对后的数据填入 Prism。遇到没有测得的数值应留空并记录原因，不要随意填 0；0 是真实数值，不等于缺失。对于 XY 表，GraphPad 说明空白单元格表示缺失值，而被排除的数值有单独的标记；处理方式应在分析记录中写清楚。来源：GraphPad XY 表指南
第三步：先画能看见每个样本的图
在左侧导航中切到这张数据表关联的图页，选择显示单个点的散点图或列散点图。这个练习每组只有六个值，逐点展示比只放两根均值柱更容易看出范围、离群值和组内差异。若同时显示均值及误差线，务必在图注中说明误差线代表 SD、SEM、95% CI 中的哪一种；三者不是同一个量。
调整图形时，可双击图中数据点进入 Format Graph，修改符号、颜色及误差线；双击坐标轴进入 Format Axes，检查轴标题、单位、刻度与范围。这些操作见 GraphPad 图形调整指南。纵轴标题可以写成“模拟测量值（任意单位）”。轴范围应帮助读者准确理解差异，不应仅靠截断纵轴夸大变化。
如果研究的问题是时间或剂量趋势，应改用 XY 表，把实际时间或剂量填入 X 列，不要把数字写在“行标题”里冒充数值坐标。GraphPad 提醒：行标题只是标签，可能被等距排列；真正的 X 数值由 X 列决定。来源：GraphPad XY 表指南
第四步：先做描述性统计，再决定是否检验
回到数据表，点击 Analyze，在适用于 Column 数据的分析中选择 Descriptive statistics。可查看每组的有效例数、均值、中位数、标准差、范围或置信区间。官方手册说明：描述性统计与正态性检验已经是分开的分析，不需要把“看分布”和“做显著性检验”混为一步。来源：GraphPad 描述性统计操作
拿到结果后，先做三项核查：N 是否符合预期、数值范围是否可能、缺失或排除的点是否有记录。如果实际录入的是汇总值而非原始值，许多信息已丢失；能保留原始观察值时优先保留。均值接近也不代表分布相同，均值不同也不能单独说明差异可靠。
若研究事先要比较两组，检验应由设计决定：不同对象组成两组，考虑独立样本的方案；同一对象前后测量，则考虑配对方案。之后再检查分布、方差假设、样本量与离群值，决定是否适合参数检验。Prism 的 t 检验选择指南列出了 Welch t 检验、等方差 t 检验、配对 t 检验及非参数选择。这里的六加六模拟数据只用于熟悉界面，不做显著性结论。
如果比较三组以上，或者计划进行多次成对比较，不应把每一对都当成互不相关的单次检验。先明确总体问题及预先计划的比较，再选择适合的分析和多重比较控制；结果中除了 P 值，还应看效应大小、置信区间及其实际意义。来源：GraphPad 多重比较结果说明
第五步：保存可修改的项目，再导出图
完成后先保存 Prism 项目文件，让数据表、分析设置和图形留在同一份可复查的文件中。Prism 10 起引入 .prism 项目格式；与旧版协作时需留意兼容性，不能只发一张图片就认为对方能复算。来源：GraphPad 文件格式说明
需要在报告中使用图时，在图页点击 Export，选择格式、位置和文件名。导出前检查标题、图例、单位、颜色区分、图片尺寸和文字可读性；导出后的图片是展示材料，项目文件才保存分析过程。来源：GraphPad 图形导出指南
交稿前的五项检查
- 表格类型与研究问题一致，配对关系和观察单位清楚。
- 每个数值能回到原始记录，缺失、排除与修正有说明。
- 图中有分组名、单位和误差线定义，原始点尽量可见。
- 统计方法与设计、数据特点一致，文字报告不只剩一个 P 值。
- 同时保存项目、原始数据说明和最终导出图，并记录软件版本。
Prism 能加快制图与计算，但不能替代研究设计和数据核查。尤其在医学相关研究中，软件给出的结果还需要结合方案、数据质量、伦理要求和专业审阅来解释。